「一緒に立派な魔法使いになろうね」
蘇る幼い頃の約束。あれは、誰だったろう――
ごく普通の学生として、魔法学園・普通科で授業を受けているアリーチェ。
魔法が苦手なデルフィーナはクラスメートだ。
一方、アリーチェの「昔からの友達」であるベルタとカーリンは、授業には出ず、
賢者の塔の中の地下施設で、魔物相手に戦闘を繰り返していた。
ベルタはその『眼』で敵の動きを読み、カーリンはその身を『獣』の姿に変えて――
ある日、戦闘実験中に「白い魔物」に襲われたベルタとカーリン。
地上へと逃げるもののアリーチェとデルフィーナを、さらに教師であるフィリアナをも巻き込み、５人で白い魔物に立ち向かうことになる。
なんとか白い魔物を退けた５人だったが、フィリアナはベルタとカーリンの特殊すぎる刻印を不審に思うのだった。
新たな刻印手術と戦闘実験という毎日を繰り返すベルタとカーリンは、洞窟での戦闘実験のため出張へと赴く。
一方、アリーチェとデルフィーナは課外授業で流星観測へ。
夜空を見上げるアリーチェたちの目の前で、ひときわ大きな流星が輝き――轟音と共に墜落する。
-セレステ篇と運命の交差-
隕石（？）の衝撃で崩れた岩壁に閉じ込められたベルタとカーリン。
２人を案じるアリーチェとデルフィーナは、２人の所属する研究室へと乗り込む。
２人の居場所を突き止めたアリーチェたちはフィリアナの協力を得て、洞窟へと向かうのだった。
-ヘリオス篇と運命の交差-
４人揃ってフィリアナの生徒になったアリーチェたち。
初めての学生生活。初めてのみんな揃っての授業。
仲良く新生活を楽しむ４人だったが、突然
「貴方がたがフィリアナ先生の生徒にふさわしいか試してあげます！」
と金髪の少女が勝負を挑んできて……
-エシャル篇と運命の交差-
迷宮山脈の新たな守護者となる白い仔竜――コットンを託されたデルフィーナとアリーチェたちは、ドラゴンの育て方を訊くために、湖都へと向かう。
竜湖祭を間近に控えて、にぎわう湖都の街で、怪しい男たちにさらわれてしまうコットン！
アリーチェたちは、湖都で出会ったエシャルの助けを得て、コットンを救うべく、砂漠の旅へ！
湖都から魔法学園に戻ったアリーチェを待ち受けていたのはメルティオールだった。
メルティオールによって、アリーチェの欠けた刻印が「もともと何の刻印だったか」が調査され、明らかにされる。
その刻印の正体とは――。
さらに調査の中で、アリーチェの身体にある秘密も明らかになる。
次々と明らかになる自分自身に混乱するアリーチェは、ある少女と再会する……
王都を包んだ白い光の柱。
未曾有の事態に、三賢者、魔法兵団、教授陣は王都救援に向かう。
ベルタ、カーリン、デルフィーナもそれぞれの能力を買われ、この救援部隊に参加することとなった。
しかしアリーチェは王都行きをフィリアナに止められてしまう。
ひとり残されることとなったアリーチェは――