黒の軍勢と義勇軍の戦いから５年――
平和になった王都には、ユグド各地から様々な種族が集まり、復興が進められていた。そんな王都で暮らすごく普通の少年ヘリオスと、少女トロメア。
ふたりは謎の光と共に現われた妖精・アポロに出会う。アポロはヘリオスに言う。「――アンタ、この世界を救ってよ！」
CHAIN CHRONICLE 3
憧れの伝説の義勇軍のひとり、カインと出会ったヘリオス。しかし喜ぶのも束の間、カインと共に奇妙な白い魔物に襲われる。執拗にヘリオスを狙う魔物――白き異形。ヘリオスの中にある「世界を救う力」を使え、とアポロが叫ぶ。
その時、ヘリオスは光に包まれ――真っ白な剣を手にしていた。白き異形に対して強力な力を持つ、謎の剣を。ヘリオスには白き異形に対しての何らかの鍵があると見たカインは、聖王女ユリアナに彼を引き合わせる。
世界を救うため、王都を旅立ったヘリオスたち。副都について早々、ゴロツキに絡まれたアポロを救ったのは、伝説の義勇軍のひとり、マリナだった。
ユリアナからもらった旅の資金を紛失したことに気付くヘリオス。しかたなく戦士ギルドから新人向けの仕事を紹介してもらうのだが――
-アマツ篇と運命の交差-
リリス、テレサと共に、聖都を目指すヘリオスたち。道中、白き異形、そして鬼の集団と戦っている青年――アマツを助ける。
リリスが元聖人であることを知ったアマツは彼女に助けを求めるのだった。
-アリーチェ篇と運命の交差-
旅の目的地である賢者の塔に、あと少しというところまでやってきたヘリオスたち。
しかし賢者の塔へと続く街道は『ふたり組の犯罪者』を追っているという“聖楽”騎士団によって封鎖されていた。
そこに、件の犯罪者たちが現れて……。
ヘリオスたちを巻き込んだ罪人たちと聖騎士団の『バトル』の行方は――？
精霊島に渡るため、砂漠の先にある港を目指すヘリオスたち。
カインとの戦いを通して一回り逞しくなったヘリオスは、砂漠の厳しい暑さにも負けずトロメアたちを励ましながら歩みを進めていく。
そんな中、アポロが『分かたれたクロニクル』の気配を察知する。
アポロに導かれたヘリオスは、とある遺跡の近くで死人のような少女を見つけ――
湖都を立ち、精霊島へ向かう船上でこれまでの旅路を振り返るヘリオスたち。
『白い剣』の存在を知るための旅もこれで一区切りがつく。
シャロンは問う。その後、ヘリオスはどうするのか？
島に降りたつと、眼前にそびえるは世界樹。
その存在感に圧倒されるのも束の間、侵入者を拒む森妖精たちに囲まれてしまう。
そこで出会ったのは、ラウトと名乗る女。彼女はヘリオスたちにある依頼をする――
-セレステ篇と運命の交差-
-アリーチェ篇と運命の交差-
救援へ向かう精霊島の船に同乗させてもらい、 光の柱が立ち上った王都へと向かうヘリオスたち。 クロニクルの中での出来事を反芻し、その責任の重さを改めて噛みしめる。
上陸したヘリオスたちを出迎えたのは、溢れかえった白き異形の群れだった。 集めた情報によれば、光の柱から際限なく白き異形が現れ、 聖王国は現在混乱の極みにあるという。 遠見の魔法ですら中を見通せない光の柱の内部には、 多くの人々と、未確認情報ながらユリアナが取り残されているらしい。
それを聞いたヘリオスたちは、一足先に救出に向かった 各ギルド連合に合流するため、光の柱へと急ぐ――。
長い長い時を経て、ついにユグドへと帰還した主人公。
戦場に響く彼の言葉が、絶望しかけたヘリオスの心を引き戻す。
白に染まった王都の街。
跋扈する白き異形。
そして……絶たれてしまった仲間たちとの絆。
絶対絶命の状況で、伝説の英雄が示す一筋の光とは――。
「白の預言者」と名乗る謎の女性をかろうじて退けた主人公とヘリオスたち。
しかしその直後、王都の街並みの一部とそこにいた人々が光の中に消えていってしまう。
一方、王都の外で戦う副都ギルド、聖騎士団、魔法兵団の下へは、
迷宮山脈、湖都、精霊島、九領と次々に援軍が到着。
かつての黒の王との決戦を彷彿とさせる団結を見せる。
そして主人公たちは王都を守るため、未だ白く硬化した人々を救うため、
再び白の預言者と対峙する……！
光の柱を巡る戦い、ついに決着の時！！